普通PCR又称终点PCR，是最传统与基础的PCR方法，这种方法通过在产物正常扩增结束后，进行琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺电泳等方式对产物染色、拍照，通过得到的条带亮度对PCR产物的量、片段长度进行分析。但是我们要注意很重要的一点，普通PCR不能反映反应体系的起始状态，即样品差异、扩增效率差异等多种情况都可能会导致最终的扩增效果，所以这种方法比较适用于疾病诊断与某些定性研究分析。

荧光定量PCR即qPCR、Real-time PCR，都是实时定量PCR。其原理就是在PCR反应体系中加入特定的探针，其中含有荧光基团，荧光定量PCR仪在每一个扩增循环都会收集积累的荧光信号，从而达到对反应体系的全程监控与定量分析，所以qPCR既可以反映反应体系的起始状态，也可以反映最终扩增效果，相比于普通PCR更精确，更简单。

普通PCR与实时荧光定量PCR二者的实验结果相同，都能说明生物体外的特殊DNA复制的整个过程的扩增效率和溶解温度情况。但是二者也有以下不同之处。
1、二者系统组成不同
荧光定量PCR仪比普通的PCR仪多了荧光信号采集系统和计算机分析处理系统。
2、二者原理不同
荧光定量PCR实时监测与DNA结合的荧光染料激发的荧光，普通OCR通过检测插入DNA中核算染料的量来测定PCR最终产物量。
3、二者反应要求不同
荧光定量PCR对扩增片段有较高的要求，一般为100-300bp，普通PCR可以扩增长点的片段。
4、二者应用不同
荧光定量PCR主要是用来定量分析和确定基因转录水平的，普通的PCR仪是做定性分析和扩增基因片段，定量PCR仪可以做普通PCR仪的工作，反之不行。
5、二者测量成本不同
定量PCR仪价格较为昂贵，普通的基因扩增仪(PCR仪)只能够定性地分析是否存在目标片段。但是价格要低很多，而且运行成本也要低很多。
实时荧光定量PCR技术有效地解决了传统定量只能终点检测的局限，实现了每一轮循环均检测一次荧光信号的强度，并记录在电脑软件之中，通过对每个样品Ct值的计算，根据标准曲线获得定量结果。