菌种用于发酵过程作为活细胞催化剂的微生物，包括细菌、放线菌、酵母菌和霉菌四大类。来源于自然界大量的微生物，从中经分离并筛选出有用菌种，再加以改良，贮存待用于生产。使优良菌种的性状保持稳定，人为地创造条件，使菌种的新陈代谢活动处于不活泼状态，即选取优良菌种的休眠体(孢子或芽孢)或富有生命力的悬浮液在低温或脱水状态下保存 。
一、低温存法：
1. 简单保存法，将琼脂斜面孢子培养物、菌丝悬浮液以及由麸皮、大米、小米等谷物原料制成的孢子培养物置于4℃冰箱保存,保存时间不超过1~2个月，若将谷物原料制备的孢子瓶抽真空并在棉塞上浸蜡,以隔绝外界空气和水汽,保持时间可达3~4个月;
2. 液氮超低温保存法，将生长稳定期的细胞悬浮在10%甘油或其他低冰点液体中，密封于安瓿管内，然后控制冷却速度，使安瓿管温度逐步下降至 -35℃时，即可置于-150~-196℃的液氮罐中保存。大多数微生物如病毒、噬菌体、多种细菌、放线菌、酵母和原虫、特别是一些用冷冻干燥法有困难的微生物，都可用此法长期保存。
二、脱水存法：
1. 沙土保存法，能产孢子的细菌、放线菌及霉菌可采用此法保存,即将沙和土以3:2比例混合，经稀酸处理洗净过筛,装入小试管内,装置高度为1cm;灭菌2~3次，烘干后即可将在斜面培养基上生长良好的孢子，用无菌蒸馏水2~2.5ml制成孢子悬液，吸取少许加入沙土管中，经真空抽干，外观呈松散状态,于4℃冰箱保存，保存期可达5~7年。

2. 冷冻干燥法,  将孢子悬浮液与保护剂(一般用脱脂牛奶或血清)相混合，放在安瓿管内于-20~-30℃的乙醇浴中速冻。然后，在低温下用真空泵抽干，并用五氧化2磷或干冰使水汽结冻，熔封安瓿管，于低温下保存。保存期可达5~10年之久。

3.  石蜡油封存法，在斜面菌种培养物上,倒上灭菌后的石蜡油，高出斜面1cm，于4℃冰箱或低温干燥处保存，此法不适用于能利用石蜡油作碳源的微生物，保存期为一年以上。